تعتمد أكاديمية الإمام مالك الدولية في مناهجها على مناهج كلية الدعوة الإسلامية بليبيا، والتي تعتمد في خطتها على خطة منهجية وتربوية، تهدف إلى إعداد أجيال من الخريجين يتمتعون بوعي كامل وإرادة قوية وعقول متفتحة، قادرة على تحمل مسؤولية الأمانة العلمية والحوار مع ما يواجه المسلمين من مستجدات، والتواصل مع الضارة بفكر نير يعتمد منهج الانفتاح على علوم العصر وما يجدُّ فيه من تقنيات، والتسامح في علاقاته مع الآخر في ضوء الإخاء الإنساني والاعتدال في أحكامه، والوسطية في اختياراته، مع نبذ العنف والتطرف القائم على فلسفة صراع الأضداد والاستعلاء والأنا الذي لا يرى وجوده إلا من خلال نفي الآخر، ويسهم من جانب آخر في تحقيق الآمال المعقودة على هؤلاء الخريجين في تفجير طاقات شعوبهم، وقيادة مسيرتها، وبناء حضارتها، وتحقيق تطلعاتها، ودفعها بعيدا عن أي استلاب حضاري يتهددها، وإنقاذها من كل ما من شأنه غير إنساني.

وقد عُقدت إقرار هذه المناهج والمقررات جلسات علمية مطولة، وندوات فكرية متعددة، لمناقشتها والموازنة بينها وبين مناهج ومقررات الكليات الأكاديمية المناظرة، وتوصلت تلك الاجتماعات إلى أن أقرت خطة متميزة تعتمد على مراعاة النسب المئوية للمقررات الدراسية، ووفق جدول زمني محدد ظفرت فيه المواد الأساسية (القرآن الكريم، والسنة النبوية، والتفسير، والفقه المقارن، والعقائد، واللغة العربية) بأعلى نسبة مئوية، وتلتها المواد المساعدة فالمواد الثقافية فمواد الإعداد العام، وتليها مادة الإعلام والإسلامي.

وحددت الدراسة الجامعية بأربع سنوات دراسية، منها سنتان يشترك فيها جميع الطلاب في دراسة مفردات واحدة، وتليها سنتان، الدراسة فيهما تخصصية وتتكون من ثلاث شعب:

•    1) شعبة الشريعة الإسلامية.
•    2) شعبة اللغة العربية وآدابها.
•    3) شعبة الدعوة والحضارة.

ولم تهمل الخطة التربوية إيجاد هامش زمني، يشغله من حين لآخر أساتذة زائرون بإلقاء محاضرات ودورات تتفق وأهداف الكلية.
مع الملاحظة بأن ما أُقرّ من مناهج ومقررات ونُصّ عليه من نسب تخضع من حين لآخر للمراجعة وإعادة النظر والتقويم المستمر بما يحقق مواكبة ما يستجد من تجارب ومعارف.
وتجنباً للإطالة في سرد أهداف كل مادة، وحرصاً على وقت القارئ، فإن المواد المدرجة في الجداول مع الزمن المحدد لها كفيلان بأن يطلعا القارئ على الأهداف المرجوة من ورائها في بناء عقول خريجي هذه الكلية، وتحقيق الآمال المعلقة على جهودهم في نشر قيم الإسلام الخالدة، وحضارته الإنسانية الرفيعة .